总体规划中城市设计方法的运用分为：跨区域层面、乡村层面、市（县）域层面、中心城区层面。

其中跨区域层面，是指在都市圈、城镇群层面运用城市设计思维，加强对大尺度自然山水、历史文化等方面的研究，协同构建自然与人文并重、生产生活生态空间相融合的国土空间开发保护格局。包括优化重大设施选址及重要管控边界确定，提出自然山水环境保护开发的整体要求，提出历史文化要素的保护与发展要求，形成共识性的设计规则和协同行动方案。

乡村层面，应体现尊重自然、传承文化、以人为本的理念，保护乡村自然本底，营造富有地域特色的“田水路林村”景观格局，传承空间基因，延续当地空间特色，运用本土化材料，展现独特的村庄建设风貌，忌简单套用城市空间的设计手法。