(一)办公室。负责机关日常运转工作。承担文电、会务、机要、安全保密、档案、史志年鉴以及新闻宣传、政务信息、政务公开、信息化等工作。
(二)综合科。承担组织编制全市自然资源发展中长期规划和年度计划工作。开展重大问题调查研究，负责起草重要文件文稿，协调全市自然资源领域综合改革有关工作。承担全市自然资源领域军民融合深度发展工作。承担综合统计和专业统计相关工作。负责全市自然资源和规划领域重要工作的督查督办。
(三)政策法规科(信访科)。组织起草自然资源和规划管理方面的地方性法规、规章草案;承担有关规范性文件的合法性审查和清理工作;推进全市自然资源和规划系统法治建设，组织开展法治宣传教育。负责并协调行政复议、行政应诉有关工作。负责来信来访工作;承办上级信访部门转办的信访事项;负责转办、督办来信来访事项;拟订突发事件和重大信访事件处置预案;指导县(市、区)自然资源和规划部门开展信访工作。
(四)重点项目保障办公室。负责组织推进全市重点项目建设自然资源要素和规划保障工作，协调解决重点项目建设自然资源要素和规划保障重大问题;负责督导单独选址项目的用地工作;监督检查重点项目建设自然资源要素和规划保障责任制落实;监测分析重点项目建设自然资源要素和规划保障态势;建立完善重点项目建设自然资源要素和规划保障协调工作机制。负责省市重大项目督查督办工作。
(五)调查与测绘科。负责实施自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，定期组织实施全市性自然资源基础调查、变更调查、动态监测和分析评价;组织开展全市水、森林、草原、湿地资源等专项调查监测评价工作。承担全市自然资源调查监测评价成果的汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。拟订全市基础测绘地理信息规划;规范和监管全市卫星导航定位基准站的建设、运行;监督管理测绘资质资格;拟订全市地理信息安全保密政策并监督实施;负责地理信息成果管理和测量标志保护，负责地图管理，开展国家版图意识宣传教育。
(六)自然资源确权登记科。负责实施国家、省各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度、标准、规范;承担指导监督全市自然资源和不动产确权登记工作;建立健全自然资源和不动产登记信息管理基础平台，指导登记资料管理工作。
(七)权益科(审计科)。完善和落实全民所有自然资源资产管理政策和统计制度，组织自然资源资产价值评估和资产核算工作;编制全市全民所有自然资源资产负债表;拟订相关考核标准;组织实施全市全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资(入股)和土地收购储备工作;承担报市政府审批的改制企业的国有土地资产处置工作;负责牵头审计工作;按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(八)开发利用科。健全自然资源资产有偿使用制度和市场交易规则并组织实施，依法依规对自然资源市场交易平台和交易活动进行监管，组织开展自然资源市场调控。负责全市自然资源市场监督管理和动态监测，建立自然资源市场信用体系;落实集体建设用地管理与流转工作;建立和完善政府自然资源价格体系和公示制度;组织开展自然资源分等定级价格评估;完善自然资源开发利用标准，开展评价考核，承担节约集约利用工作。
(九)国土空间规划科。贯彻执行国家、省国土空间规划相关政策，承担建立全市空间规划体系工作并监督实施;负责生态保护红线、永久基本农田、城镇开发边界等重要控制线统筹划定工作并监督实施;组织开展国土空间开发适宜性评价，推进落实主体功能区战略和制度;建立国土空间规划实施监测、评估和预警体系;承担国土空间规划和相关专项规划的组织编制、审查和报批工作，指导和审核涉及国土空间开发利用的市重大专项规划，指导县(市)国土空间规划的编制和实施;负责城市地下空间规划和开发利用的管理工作;负责组织编制市政管线综合规划;负责综合协调各类市政道路管线工程的规划布局;负责规划设计单位资质初审工作。
(十)用途管制科。组织实施国家、省国土空间用途管制制度规范和技术标准;负责全市土地等自然资源年度利用计划管理工作;承担各类土地用途转用的审核报批工作;统筹协调建设项目选址和开展用地预审工作;指导各县(市)土地用途转用的审核、报批工作;按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(十一)耕地保护监督科。拟订并实施全市耕地保护政策，组织实施全市耕地保护责任目标考核;负责永久基本农田划定、占用和补划的监督工作;负责落实耕地占补平衡管理工作;承担土地征收征用管理工作;负责和指导耕地保护政策与林地、草地、湿地等土地资源保护政策的衔接;承担临时用地的审查、审批及监督管理工作。
(十二)城市设计科。负责城市设计工作;负责拟订城市设计相关政策;负责中心城区总体城市设计编制工作;负责中心城区重点地区城市设计的组织编制工作;参与建设项目方案审查。
(十三)详细规划科。负责组织编制、审查和报批中心城区控制性详细规划工作;负责依据控制性详细规划及城市设计的相关要求，提出供应土地的规划条件;承担建设用地规划许可工作;负责审查建设项目总平面;负责审核容积率、建筑密度、绿地率、建(构)筑物的使用性质、建设规模、平面位置等规划技术指标;按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(十四)建设工程科。负责审查建设工程方案;承担建设工程规划许可及城市基础设施配套费的核算工作;负责对各类市政工程提出规划设计条件，审查市政工程规划设计方案，承担市政设施、地下空间开发利用工程的规划许可工作;负责地下管线信息系统更新维护;负责临时建筑的规划许可工作;牵头负责规划核实工作;对规划技术指标落实情况进行规划验收。按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(十五)村镇规划科。负责市区范围内的乡村规划编制管理和乡村建设规划许可工作，负责指导县(市)村镇规划编制工作，指导县(市)乡村建设规划许可工作;负责配合相关部门做好乡村振兴、农村人居环境、美丽乡村等规划工作。按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(十六)生态修复科。牵头拟订全市国土空间生态修复政策;组织拟订实施市级国土空间生态修复规划;承担国土空间综合整治、土地整理复垦、矿山地质环境恢复治理等工作;承担和指导生态保护补偿相关工作;指导全市国土空间生态修复工作。
(十七)地矿保护监督科。拟订全市矿产资源政策、规划并组织实施，监督指导矿产资源合理利用和保护;管理市级地质勘查项目;承担全市地质灾害预防和治理工作。编制全市地质灾害防治规划并监督检查执行情况;管理市财政出资的地质灾害预防和治理项目;监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题;组织实施国家地质勘查、地质灾害防治工作标准、规程和规范。承担矿产资源储量评审、备案、登记、统计和信息发布及压覆矿产资源审查管理等工作;实施矿山储量动态管理，建立矿产资源安全监测预警体系;监督地质资料汇交、保管和利用等工作;按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(十八)北山生态环境保护管理科(矿权管理科)。承担市北山生态环境保护领导小组办公室的具体职责。负责拟订北山生态环境保护的具体管理制度并组织实施;监督北山生态环境保护规划的实施;组织协调有关行政主管部门开展联合执法;督促有关行政主管部门依法查处北山违法违规开发建设和破坏生态环境的行为;拟订全市矿业权管理政策制度并组织实施;管理矿业权的出让及审批登记;统计分析并指导全市矿业权审批登记;调处重大矿业权权属纠纷;承担保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制管理工作。按照职责负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
(十九)行政事项服务科。负责行政审批服务事项的直接办理、结果公示、档案管理;负责简化审批环节、优化审批流程、提高服务效率和质量;负责本系统行政审批服务标准体系建设。
(二十)督察执法科。贯彻自然资源督查相关制度和工作规则，落实国家、省自然资源督查机构工作部署，配合上级自然资源督查机构开展督查工作;负责市级执法事项和重大案件调查处理，组织协调跨区域违法案件查处工作;根据授权，承担对全市自然资源、国土空间规划等法律法规执行情况的监督检查工作。组织开展土地、矿产、规划、测绘领域违法案件形势的分析和研判;组织协调全市土地、矿产、规划、测绘执法工作，会同有关部门指导查处土地、矿产、规划及测绘有关违法违规行为;协调、督查、督办重大或跨区域的土地、矿产、规划、测绘违法案件;指导市、县(市)自然资源和规划执法队伍建设;组织开展土地、矿产、规划、测绘执法人员业务培训。
(二十一)财务科。承担全市自然资源专项收入征管和专项资金、基金的管理工作;拟订有关财务、资产管理的规章制度，负责机关和所属单位财务及国有资产监管;承担财政和社会资金的结构优化和监测工作，拟订合理利用社会资金的政策措施，提出重大备选项目。
(二十二)人事科。承担机关、所属单位的人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作;指导全市自然资源人才队伍建设等工作。拟订全市自然资源领域科技发展规划及对外合作计划;组织实施全市自然资源科研项目;承担科技成果管理及科学技术普及工作。负责外事管理工作。
(二十三)党的建设工作办公室。负责机关和所属单位的党群、纪检等工作，承担机关党委的日常工作。
（二十四）离退休干部工作科。负责机关离退休干部工作，指导所属单位离退休干部工作。